Ķērpji
ĶNP ir liela biotopu daudzveidība‚ tāpēc arī apzināto ķērpju sugu skaits sastāda aptuveni 34% no Latvijas ķērpju sugu kopskaita, kas, iespējams, patiesībā ir vēl lielāks.
Svarīgākās retās ķērpju sugas
ĶNP ir īpašs ar to, ka šeit atrodas vienīgās zināmās paresninātās kladonijas Cladonia incrassata atradnes Latvijā. Teritorijā konstatētas arī īpaši aizsargājamas sugas zaļā opegrāfa Opegrapha viridis un zvīņainā telotrēma Thelotrema lepadinum, kas aug uz lapu koku mizas un sastopamas reti, galvenokārt Latvijas rietumdaļā gar jūras piekrasti. Savukārt ĶNP sastopamā suga Chaenotheca cinerea‚ kas aug vecos skujkoku mežos‚ ir reta visā tās izplatības areālā.
Īpaša dabas aizsardzības vērtība ir ķērpju sugām Thelotrema lepadinum un Calicium quercinum‚ kas aug vecos lapu koku un jauktos mežos. To izplatība visā Eiropā samazinās saistībā ar to jutību pret gaisa piesārņojumu un mežu izciršanu.
Kaņiera apkārtnē atrastas trīs Latvijā jaunas ķērpju sugas – Buellia griseovirens‚ Calicium glaucellum un Stenocybe pullatula.