Sēnes
Īpaši aizsargājamās sēņu sugas
11 no ĶNP konstatētajām sēņu sugām (pie sēņu sugām pieder arī piepes) ir īpaši aizsargājamas: čemurainā čemurene Grifola umbellata‚ parazītiskā samtbeka Xerocomus parasiticus‚ vainagotā zemeszvaigzne Geastrum quadrifidum‚ sekstainā zemeszvaigzne G. pectinatum‚ rūsganā zemeszvaigzne G. rufescens‚ biezstaru zemeszvaigzne G. triplex‚ alkšņu zobiņbeka Gyrodon lividus‚ lakas plakanpiepe Ganoderma lucidum‚ krokainā kazbārde Sparassis crispa‚ plaisājošā rūtaine Xylobolus frustulatus un melnsvītras cietpiepe Phellinus nigrolimitatus.
Retās cepurīšu sēnes
ĶNP teritorijā līdz šim konstatētas 317 cepurīšu sēņu sugas. Īpaši aizsargājamo sugu sarakstā (sk iepriekš) ir iekļauta tikai viena suga - parazītiskā samtbeka. Tomēr no ĶNP atrastajām cepurīšu sēnēm eksperti par retām uzskata vēl 38 sugas. Starp tām ir vairākas sārtlapīšu (Entoloma), bārkstmaļu (Hebeloma ), sērsēņu (Hypholoma), šķiedrgalvīšu (Inocybe), riekstenīšu (Naucoria), zvīneņu (Naucoria), spīgulīšu (Psathyrella) un vairāku citu ģinšu sugas, kuras līdz šim ir maz izpētītas. Deviņas no tām līdz šim konstatētas tikai Ķemeru nacionālajā parkā.
Retās piepes
Runājot par piepēm, augstāk uzskaitītajā īpaši aizsargājamo sēņu sarakstā ir iekļautas trīs piepju sugas - lakas plakanpiepe, plaisājošā rūtaine un melnsvītras cietpiepe. Tomēr aizsargājamas ir vēl 10 retās piepju sugas‚ kas nav iekļautas īpaši aizsargājamo augu sugu sarakstā. Tās ir šokolādes jungūnija Junghuhnia collabens‚ laškrāsas zeltpore Hapolopilus salmonicolor‚ lazdu piepe Dichomitus campestris‚ biezā slāņpiepe Perenniporia subacida‚ kastaņbrūnā kātiņpiepe Polyporus badius‚ liesmainā egļpiepe Pycnoporellus fulgens‚ pilienu mīkstpiepe Oligoporus guttulatus‚ izteiksmīgā mīkstpiepe Tyromices fissilis‚ zaļganā smalkpiepīte Ceriporiopsis pannocincta un pūkainā onnija Onnia tomentosa. Vairuma no šīm sugām Latvijā ir tikai 3-4 atradnes.
Retās pazemes, pludmales un ūdeņu sēnes
Savulaik ĶNP konstatēta reta pazemes sēne ēdamā melnā trifele. Teritorijā ir sastopami sēnei nepieciešamie apstākļi, un, iespējams‚ ka suga joprojām šeit ir. Slokas apkārtnē konstatēta arī reta pazemes sēne Elaphomyces levellei. Arī ĶNP atrastā melnplaukas sēne Entorrhiza aschersoniana‚ kas parazitē uz krupju doņa Juncus bufonicus saknēm‚ ir reta Latvijā.
Uz koku sapludām Ragaciema pludmalē konstatētas sešas Latvijai jaunas sēņu sugas: Ceriosporopsis tubulifera‚ C. halima‚ Corollospora intermedia‚ C. maritima‚ Marinospora calyptrata un Amylocarpus encephaloides.
Sēravotos uz satrūdējušām koku lapām un skujām pirmo reizi Latvijā atrastas 16 saldūdens sēnes.